Самый простой способ:
Создать updater, отдельно от программы. Сама программа проверяет наличие новой версии и если необходимо обновление, то запускает updater и закрывается. Updater скачивает файлы из сети и перезаписывает уже существующие (кроме самого себя), потом запускает программу (уже новую версию) и завершает свою работу.